Como testes genéticos moleculares são interpretados

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Dados de testes genéticos moleculares necessitam de classificação

Testes genéticos moleculares, como o sequenciamento de nova geração (NGS), envolvem a determinação do significado das alterações encontradas em uma sequência de DNA. 

Em um sequenciamento de exoma completo, por exemplo, são detectadas cerca de 50 mil variantes genéticas. Portanto, o principal desafio na interpretação desses dados está em determinar qual é (são) aquela(s) responsável(s) pela hipótese diagnóstica que motivou a solicitação do exame. 

Para começar, é necessário que sempre se tenha uma doença ou um grupo de doenças como hipótese diagnóstica para guiar o fluxo das análises e a interpretação clínica das variantes para posterior elaboração do laudo médico. 

Para muitas variantes, as consequências clínicas da mudança na sequência do DNA já estão bem compreendidas e já foram caracterizadas e publicadas na literatura científica e/ou em bancos de dados genômicos; nesses casos, essas variantes podem ser classificadas definitivamente como patogênicas ou benignas. 

Um exemplo de variante patogênica é a mutação F508del (deleção do aminoácido Fenilalanina na posição 508 do gene CFTR) que, quando em homozigose, causa fibrose cística.

No entanto, nem todas as variantes encontradas causam doenças e é responsabilidade do laboratório que realiza os testes, interpretar e classificar as variantes genéticas como causadoras de doenças (patogênicas) ou benignas. 

Por isso é importante que o profissional de saúde encarregado de solicitar esse tipo de testes, entenda e acompanhe a rápida evolução da ciência e da arte no modo em que essas classificações são feitas.

Como o laboratório interpreta as variantes 

Para classificar as alterações é necessário agregar informações pertinentes. Essas informações podem ser extraídas de diversos bancos de dados ou sites.

Alguns exemplos de tipos de informações a serem levadas em consideração: 

  • Presença na literatura

A variante já foi reportada associada à alguma doença?

  • Localização da alteração no DNA

A variante atinge um gene que codifica uma proteína importante?   

  • Natureza da alteração e predição do possível dano da alteração (saiba mais sobre tipos de mutações aqui):

A variante altera a produção ou a função de uma proteína?

  • Frequência da alteração na população

A variante já foi identificada em pessoas saudáveis?

Para avaliar o significado clínico das variantes, são utilizados bancos de dados que descrevem variantes relatadas anteriormente, como o Human Gene Mutation Database (HGMD) e o ClinVar, bem como artigos científicos publicados de alto impacto (geralmente disponíveis no PubMed). 

Também é considerada a frequência da variante em populações controle (indivíduos saudáveis) de fontes que incluem o dbSNP, o 1000 Genomes Project, o Exome Variant Server (EVS) e o Exome Aggregation Consortium (ExAC); e softwares (PolyPhen2, SIFT e MutationTaster) que fornecem predições in silico sobre o efeito de alterações. É importante observar, no entanto, que as ferramentas de predição in silico nem sempre são precisas e, portanto, apenas ajudam a fornecer evidências de suporte para priorizar variantes.

Atualmente, não existe um padrão definido para classificar variantes, mas iniciativas de vários grupos que trabalham para definir procedimentos-padrão para classificar e curar variantes. 

As orientações mais utilizadas no momento foram propostas por especialistas do Colégio Americano de Genética Médica e Genômica (American College of Medical Genetics, ACMG), que elaboraram um conjunto de diretrizes que designam os parâmetros a serem adotados em todas as etapas do processamento de NGS.

Quais são as categorias de classificação

A interpretação clínica das variantes genéticas é demorada e requer atenção rigorosa aos detalhes. As diretrizes do ACMG propõem que as alterações encontradas devem ser classificadas como:

Tabela certo-01

Considerações clínicas

Novas informações sobre uma alteração genética podem ser extraídas a cada dia. Diversos estudos têm sido realizados e muitas fontes científicas têm disponibilizado gratuitamente classificadores de variantes online. Quanto mais informações sobre uma alteração se obtêm, com mais fidelidade se consegue classificá-la a fim de predizer sua consequência no organismo e associá-la a um quadro de doença ou, até mesmo, de saúde. 

Portanto, a interpretação das variantes refletem o conhecimento científico disponível no momento da análise. Um resultado reportando variantes não associadas à hipótese diagnóstica hoje pode ser reavaliado, levando em conta novas informações científicas e/ou novos sinais e sintomas apresentados pelo paciente, e as mesmas variantes podem ser re-classificadas como patogênicas no futuro, ou vice-versa.

Referências:

Richards, S. et al. (2015) Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet. Med., 17, 405–424.

Deignan,J.L. et al. (2019) Points to consider in the reevaluation and reanalysis of genomic test results: a statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet. Med., 21, 1267–1270.

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